A sua produção inclui música orquestral, de câmara, operática e para instrumentos solistas, e ainda música para cinema e teatro. As suas obras têm sido apresentadas em vários festivais nacionais e internacionais, em Portugal, na Europa, na Ásia e na América do Sul, por formações como o Ensemble Neue Musik, a Orchestrutopica, o Remix Ensemble, a Orquestra Gulbenkian, a Orquestra Sinfónica Nacional da Ucrânia, o Grupo de Música Contemporânea de Lisboa, o Ensemble L'Itinéraire, o Sond'Ar‑te Electric Ensemble, a Orquestra Sinfónica Portuguesa, Sete Lágrimas, a Orquestra Metropolitana de Lisboa, a Orquestra de Sopros da Escola Superior de Mùsica de Lisboa, o Officium Ensemble, o Cappella Musical Cupertino de Miranda, e, mais recentemente, o coro Voces Caelestes e o Ensemble D'Arcos. Teve encomendas da Fundação Calouste Gulbenkian, Culturgest, Expo’98, Centro Cultural de Belém, IPPAR, Casa da Música, Teatro da Cornucópia, Teatro Nacional de São João, Presidência da República Portuguesa, Teatro Nacional D. Maria II, Miso Music Portugal, Festival Internacional de Música do Estoril, do Grupo de Música Contemporânea de Lisboa, Arte das Musas, da Associação de Estudantes da ESML, do Departamento do Património Histórico e Artístico da Diocese de Beja, Santa Casa da Misericórdia de Lisboa, Santuário de Fátima, Cistermúsica - Festival de Música de Alcobaça, Ensemble D'Arcos e Festival Estoril Lisboa. Em Outubro de 1998 João Madureira recebeu o Prémio ACARTE / Maria Madalena Azeredo Perdigão, da Fundação Gulbenkian, pela sua peça «Poemúsica», para piano e recitante, sobre poemas de Herberto Hélder. A sua obra está gravada em editoras como La Ma de Guido (Barcelona, Espanha, em 2000 e 2012 – LMG 2042 e LMG 2115), Deux-Elles (UK, em 2003 – DXL 1087), Arte das Musas (Portugal, em 2008 e 2010 – MU 0106 Silêncio e MU 0108 Vento), e Numérica (Portugal, em 2012 – BOM 1002), e AVA Musical Editions (AVA161486). Depois de estudar Composição em Portugal, João Madureira estudou em Itália, Alemanha, e França, com Franco Donatoni, York Höller e Ivan Fedele. Defendeu em 2017 a sua dissertação de doutoramento em Ciências Musicais Históricas na Universidade Nova de Lisboa, dedicada à música operática de Luciano Berio. Ensina Composição na Escola Superior de Música de Lisboa.
